En tenant compte des grands chantiers de la région, de la vision et de la mission du CERAP, des grandes orientations du pôle universitaire et du pôle social, la recherche au CERAP a pour finalité d’influencer positivement sur l’évolution de la société ivoirienne en particulier et africaine en générale, d’éclairer les décideurs politiques et économiques, de même que la société civile. De ce point de vue, le CERAP privilégie la recherche empirique et est attentive aux changements socio-économiques et politiques de la société. À ce titre le CERAP conduit des recherches sur le terrain notamment, dans le domaine de la gestion des conflits, des droits humains, du développement durable, d’inégalités et de vulnérabilité sociales ainsi que de la gouvernance d’entreprise.

Les partenaires académiques du CERAP sont notamment les universités publiques Félix Houphouët Boigny (Cocody) et Alassane Ouattara (Bouaké), le Centre Ivoirien pour la Recherche Économique et Sociale (CIRES) et l’École Nationale de Statistiques Appliquées (ENSEA). Le CERAP fait aussi partie du réseau de l’Unité Mixte Internationale-Résilience qui inclut des universités africaines et européennes et dont les recherches sont axées sur les questions de vulnérabilité sociale.  L’appartenance à l’Agence Française de la Francophonie est aussi un autre atout du CERAP en matière de collaboration pour la recherche. Le CERAP fait par ailleurs partie des instituions retenues par l’UEMOA pour collaborer prioritairement sur l’axe de recherche "paix et sécurité". Les autres axes incluent les infrastructures, la sécurité alimentaire, financement des économies des États membres de l’UEMOA. Le CERAP entretient aussi des relations de partenariat avec l’université Sophia du Japon.

Les résultats de la recherche au CERAP sont diffusés à travers la revue de vulgarisation "Débats-Courrier d’Afrique de l’Ouest" et les "Conférences du CERAP". Destinée à un public élargi d’Africains de l’Ouest et de lecteurs intéressés par l’avenir de cette sous-région, "Débats-Courrier d’Afrique de l’Ouest", revue trimestrielle de 32 pages apporte des analyses et des éléments de réflexion sur l’actualité de la sous-région et sur l’actualité internationale. Elle veut surtout, permettre au lecteur de former leur propre jugement personnel, à distance d’opinions souvent hâtivement formulées dans le prolongement d’intérêts immédiats, de sentiments essentiellement affectifs, de convictions idéologiques ou religieuses insuffisamment raisonnées, d’une opinion publique manipulée et instrumentalisée par des médias parfois peu exigeants.  Pour promouvoir l’esprit du débat essentiel à l’éclosion de la culture scientifique. Depuis septembre 2004, le CERAP organise tous les mois des conférences publiques sur divers thèmes animés par des enseignants ou des professionnels. L’objectif est d’offrir aux ivoiriens un cadre de réflexion et de débats sur les grandes questions de l’heure en Afrique de l’Ouest.